| 3. Round | 03/09/2016 | Valencia CF B | - | CD Ebro | 3:3 |  |
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| 4. Round | 11/09/2016 | CD Ebro | - | CD Eldense | 1:0 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | CE L'Hospitalet | - | CD Ebro | 1:0 |  |
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| 8. Round | 09/10/2016 | CD Ebro | - | AE Prat | 2:0 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | CD Ebro | - | Levante UD B | 0:1 | |
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| 12. Round | 02/11/2016 | Hércules CF | - | CD Ebro | 2:0 | ||||
| 13. Round | 06/11/2016 | CD Ebro | - | Villarreal CF B | 0:0 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | RCD Mallorca B | - | CD Ebro | 0:0 | |
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| 28. Round | 05/03/2017 | CD Ebro | - | Espanyol Barcelona B | 0:0 | |
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| 29. Round | 12/03/2017 | Levante UD B | - | CD Ebro | 1:1 |
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