| 1. Round | 20/08/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | FC Jumilla | 1:0 | ||||
| 2. Round | 27/08/2016 | RB Linense | - | Atlético Sanluqueño CF | 3:1 | ||||
| 3. Round | 04/09/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | Recreativo Huelva | 0:0 |  |
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| 5. Round | 17/09/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | Córdoba CF B | 1:2 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | Atlético Mancha Real | - | Atlético Sanluqueño CF | 4:0 | |
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| 10. Round | 23/10/2016 | Lorca FC | - | Atlético Sanluqueño CF | 3:1 | |
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| 11. Round | 30/10/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | UD Melilla | 1:2 |  |
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| 13. Round | 06/11/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | San Fernando CD | 0:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | FC Cartagena | - | Atlético Sanluqueño CF | 2:0 | ||||
| 15. Round | 20/11/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | Marbella FC | 0:0 | |
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| 16. Round | 27/11/2016 | Real Jaén | - | Atlético Sanluqueño CF | 4:2 | |
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| 19. Round | 18/12/2016 | CF Villanovense | - | Atlético Sanluqueño CF | 4:0 | |
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| 20. Round | 08/01/2017 | FC Jumilla | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:0 | ||||
| 30. Round | 19/03/2017 | UD Melilla | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:0 | |
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| 37. Round | 07/05/2017 | Extremadura UD | - | Atlético Sanluqueño CF | 2:0 |
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