| 2. Round | 04/08/2006 | Montpellier HSC | - | FC Gueugnon | 0:3 |  |
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| 3. Round | 08/08/2006 | FC Gueugnon | - | Chamois Niortais | 0:1 | |
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| 4. Round | 11/08/2006 | US Créteil-Lusitanos | - | FC Gueugnon | 0:0 | ||||
| 5. Round | 18/08/2006 | FC Gueugnon | - | Amiens SC | 2:1 | |
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| 6. Round | 25/08/2006 | EA Guingamp | - | FC Gueugnon | 6:1 | ||||
| 32. Round | 13/04/2007 | Stade de Reims | - | FC Gueugnon | 1:0 | ||||
| 34. Round | 30/04/2007 | SM Caen | - | FC Gueugnon | 1:1 | ||||
| 36. Round | 11/05/2007 | Stade Brestois 29 | - | FC Gueugnon | 2:1 | ||||
| 37. Round | 18/05/2007 | FC Gueugnon | - | SC Bastia | 4:2 | ||||
| 38. Round | 25/05/2007 | FC Metz | - | FC Gueugnon | 1:2 |
France