| 3. Round | 04/09/2016 | UE Cornellà | - | Atlético Baleares | 0:0 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | Atlético Baleares | - | CF Gavà | 2:2 | ||||
| 5. Round | 17/09/2016 | FC Barcelona B | - | Atlético Baleares | 2:1 | ||||
| 6. Round | 24/09/2016 | Atlético Baleares | - | CE Sabadell | 1:1 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | UE Llagostera | - | Atlético Baleares | 2:1 | ||||
| 8. Round | 09/10/2016 | Atlético Baleares | - | Valencia CF B | 1:0 |  |
|||
| 9. Round | 16/10/2016 | CD Eldense | - | Atlético Baleares | 0:5 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | Atlético Baleares | - | CF Badalona | 0:1 | ||||
| 11. Round | 30/10/2016 | Lleida Esportiu | - | Atlético Baleares | 1:0 | ||||
| 12. Round | 02/11/2016 | Atlético Baleares | - | CE L'Hospitalet | 2:0 | ||||
| 13. Round | 06/11/2016 | AE Prat | - | Atlético Baleares | 0:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | Atlético Baleares | - | Espanyol Barcelona B | 0:0 | ||||
| 15. Round | 20/11/2016 | CD Ebro | - | Atlético Baleares | 0:0 | |
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| 16. Round | 27/11/2016 | Atlético Baleares | - | Atlético Saguntino | 1:1 | |
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| 17. Round | 04/12/2016 | Hércules CF | - | Atlético Baleares | 2:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | Atlético Baleares | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 19. Round | 18/12/2016 | CD Alcoyano | - | Atlético Baleares | 1:1 |
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