| 1. Round | 30/07/2016 | Zenit St. Petersburg | - | Lokomotiv Moskva | 0:0 |  |
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| 2. Round | 07/08/2016 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 3. Round | 14/08/2016 | Terek Grozny | - | Lokomotiv Moskva | 1:1 | |
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| 4. Round | 21/08/2016 | Lokomotiv Moskva | - | Krylia Sovetov | 0:0 | |
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| 5. Round | 28/08/2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 8. Round | 24/09/2016 | FK Rostov | - | Lokomotiv Moskva | 1:0 | ||||
| 11. Round | 23/10/2016 | Lokomotiv Moskva | - | CSKA Moskva | 1:0 | ||||
| 13. Round | 05/11/2016 | Lokomotiv Moskva | - | Anzhi Makhachkala | 4:0 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | Lokomotiv Moskva | - | Terek Grozny | 2:0 | |
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