| 29. Round | 04/03/2000 | UE Lleida | - | Atlético Madrid B | 3:0 | ||||
| 35. Round | 15/04/2000 | Elche CF | - | Atlético Madrid B | 1:1 | ||||
| 36. Round | 22/04/2000 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF | 1:4 | ||||
| 38. Round | 05/05/2000 | Atlético Madrid B | - | CD Tenerife | 2:1 | ||||
| 39. Round | 13/05/2000 | Sporting Gijón | - | Atlético Madrid B | 3:1 | ||||
| 40. Round | 20/05/2000 | Atlético Madrid B | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||||
| 41. Round | 27/05/2000 | CD Toledo | - | Atlético Madrid B | 1:1 |
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