| 1. Round | 20/08/2016 | Valencia CF B | - | AE Prat | 3:0 | ||||
| 2. Round | 27/08/2016 | AE Prat | - | CD Eldense | 1:0 | ||||
| 3. Round | 04/09/2016 | CF Badalona | - | AE Prat | 0:0 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | CE L'Hospitalet | - | AE Prat | 0:0 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | AE Prat | - | Levante UD B | 0:0 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | AE Prat | - | Espanyol Barcelona B | 1:0 | ||||
| 8. Round | 09/10/2016 | CD Ebro | - | AE Prat | 2:0 |  |
|||
| 9. Round | 16/10/2016 | AE Prat | - | Atlético Saguntino | 1:0 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | Hércules CF | - | AE Prat | 0:2 |  |
|||
| 11. Round | 29/10/2016 | AE Prat | - | Villarreal CF B | 0:0 | ||||
| 12. Round | 02/11/2016 | CD Alcoyano | - | AE Prat | 3:2 | ||||
| 13. Round | 06/11/2016 | AE Prat | - | Atlético Baleares | 0:1 | ||||
| 15. Round | 20/11/2016 | AE Prat | - | UE Cornellà | 1:1 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | AE Prat | - | FC Barcelona B | 0:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | CE Sabadell | - | AE Prat | 3:1 | ||||
| 19. Round | 18/12/2016 | AE Prat | - | UE Llagostera | 1:1 | |
|||
| 20. Round | 08/01/2017 | AE Prat | - | Valencia CF B | 1:1 | |
|||
| 21. Round | 15/01/2017 | CD Eldense | - | AE Prat | 1:0 |
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