| 3. Round | 21/09/2008 | UD Almería | - | Málaga CF | 1:0 | ||||
| 4. Round | 25/09/2008 | Málaga CF | - | Valencia CF | 0:2 | ||||
| 6. Round | 05/10/2008 | Recreativo Huelva | - | Málaga CF | 0:4 | ||||
| 7. Round | 19/10/2008 | Málaga CF | - | Getafe CF | 2:1 | ||||
| 8. Round | 26/10/2008 | Sevilla FC | - | Málaga CF | 0:1 | ||||
| 9. Round | 01/11/2008 | Málaga CF | - | FC Barcelona | 1:4 | ||||
| 10. Round | 08/11/2008 | Real Madrid | - | Málaga CF | 4:3 | ||||
| 11. Round | 16/11/2008 | Málaga CF | - | Villarreal CF | 2:2 | ||||
| 14. Round | 07/12/2008 | Deportivo La Coruña | - | Málaga CF | 2:0 | ||||
| 15. Round | 14/12/2008 | Málaga CF | - | CD Numancia | 2:0 | ||||
| 16. Round | 21/12/2008 | Racing Santander | - | Málaga CF | 1:1 | ||||
| 21. Round | 31/01/2009 | Athletic Club | - | Málaga CF | 3:2 | ||||
| 28. Round | 22/03/2009 | FC Barcelona | - | Málaga CF | 6:0 | ||||
| 31. Round | 18/04/2009 | Málaga CF | - | RCD Mallorca | 1:1 | ||||
| 32. Round | 22/04/2009 | CA Osasuna | - | Málaga CF | 2:3 | ||||
| 34. Round | 02/05/2009 | CD Numancia | - | Málaga CF | 2:0 | ||||
| 35. Round | 10/05/2009 | Málaga CF | - | Racing Santander | 1:0 | ||||
| 37. Round | 23/05/2009 | Málaga CF | - | Real Betis | 1:1 | ||||
| 38. Round | 31/05/2009 | Espanyol Barcelona | - | Málaga CF | 3:0 |
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