| 6. Round | 26/09/2015 | SD Gernika | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 8. Round | 10/10/2015 | SD Leioa | - | CD Guadalajara | 2:3 |  |
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| 9. Round | 18/10/2015 | CD Guadalajara | - | CF Talavera | 0:1 | ||||
| 10. Round | 25/10/2015 | La Roda CF | - | CD Guadalajara | 0:1 | |
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| 11. Round | 31/10/2015 | CD Guadalajara | - | CD Ebro | 1:1 | ||||
| 12. Round | 08/11/2015 | Rayo Majadahonda | - | CD Guadalajara | 2:3 | |
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| 13. Round | 15/11/2015 | CD Guadalajara | - | Real Madrid Castilla | 1:2 | ||||
| 14. Round | 21/11/2015 | Real Sociedad B | - | CD Guadalajara | 1:1 | ||||
| 15. Round | 28/11/2015 | CD Guadalajara | - | Real Unión | 0:1 | ||||
| 16. Round | 05/12/2015 | SD Amorebieta | - | CD Guadalajara | 4:0 | ||||
| 29. Round | 13/03/2016 | CD Guadalajara | - | La Roda CF | 1:1 | ||||
| 30. Round | 20/03/2016 | CD Ebro | - | CD Guadalajara | 2:0 | ||||
| 31. Round | 24/03/2016 | CD Guadalajara | - | Rayo Majadahonda | 4:0 | ||||
| 32. Round | 03/04/2016 | Real Madrid Castilla | - | CD Guadalajara | 6:3 | ||||
| 33. Round | 10/04/2016 | CD Guadalajara | - | Real Sociedad B | 2:2 | ||||
| 34. Round | 17/04/2016 | Real Unión | - | CD Guadalajara | 3:0 | ||||
| 35. Round | 24/04/2016 | CD Guadalajara | - | SD Amorebieta | 2:0 |
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