| 1. Round | 18/08/2012 | CD Lugo | - | Hércules CF | 1:0 | ||||
| 2. Round | 26/08/2012 | Hércules CF | - | Elche CF | 1:2 |  |
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| 3. Round | 02/09/2012 | AD Alcorcón | - | Hércules CF | 1:0 | |
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| 4. Round | 08/09/2012 | Hércules CF | - | Girona FC | 2:1 | |
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| 5. Round | 16/09/2012 | Villarreal CF | - | Hércules CF | 1:0 | |
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| 6. Round | 22/09/2012 | Hércules CF | - | FC Barcelona B | 0:3 | ||||
| 7. Round | 30/09/2012 | UD Almería | - | Hércules CF | 0:0 | ||||
| 8. Round | 08/10/2012 | Hércules CF | - | Real Madrid Castilla | 2:4 |  |
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| 10. Round | 20/10/2012 | Hércules CF | - | CD Guadalajara | 0:0 | |
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| 13. Round | 11/11/2012 | Hércules CF | - | UD Las Palmas | 0:2 | ||||
| 14. Round | 18/11/2012 | Córdoba CF | - | Hércules CF | 1:2 | ||||
| 15. Round | 24/11/2012 | Hércules CF | - | Sporting Gijón | 1:1 | |
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| 16. Round | 02/12/2012 | SD Huesca | - | Hércules CF | 1:1 | ||||
| 17. Round | 09/12/2012 | Hércules CF | - | Recreativo Huelva | 1:1 | ||||
| 18. Round | 16/12/2012 | CD Mirandés | - | Hércules CF | 3:2 | ||||
| 19. Round | 22/12/2012 | Hércules CF | - | CD Numancia | 1:3 | ||||
| 20. Round | 06/01/2013 | Real Murcia | - | Hércules CF | 2:1 |  |
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| 23. Round | 26/01/2013 | Elche CF | - | Hércules CF | 2:0 |
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