| 23. Round | 08/02/2025 | Mérida AD | - | AD Alcorcón | 2:1 |  |
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| 24. Round | 15/02/2025 | CF Intercity | - | Mérida AD | 3:1 | |
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| 25. Round | 23/02/2025 | Mérida AD | - | Real Murcia | 1:4 | ||||
| 26. Round | 01/03/2025 | Algeciras CF | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 28. Round | 14/03/2025 | Villarreal CF B | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 32. Round | 13/04/2025 | Hércules CF | - | Mérida AD | 0:0 | ||||
| 33. Round | 20/04/2025 | CF Fuenlabrada | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 35. Round | 03/05/2025 | AD Ceuta FC | - | Mérida AD | 1:0 | |
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| 36. Round | 10/05/2025 | Mérida AD | - | Real Madrid Castilla | 0:0 | ||||
| 37. Round | 17/05/2025 | Recreativo Huelva | - | Mérida AD | 0:1 | ||||
| 38. Round | 24/05/2025 | Mérida AD | - | Atlético Madrid B | 2:2 |
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