| 3. Round | 15/09/2024 | SD Gernika | - | CD Alavés B | 1:1 | ||||
| 4. Round | 22/09/2024 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 3:1 | ||||
| 9. Round | 26/10/2024 | SD Eibar B | - | SD Gernika | 1:2 | ||||
| 10. Round | 02/11/2024 | SD Gernika | - | Utebo FC | 1:1 | ||||
| 11. Round | 10/11/2024 | CD Calahorra | - | SD Gernika | 0:0 | ||||
| 13. Round | 23/11/2024 | Arenas de Getxo | - | SD Gernika | 4:1 |
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