| 4. Round | 17/09/2023 | Algeciras CF | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 9. Round | 21/10/2023 | Mérida AD | - | Real Murcia | 0:1 | ||||
| 10. Round | 29/10/2023 | Atlético Madrid B | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 11. Round | 05/11/2023 | Mérida AD | - | UD Ibiza | 1:2 | ||||
| 12. Round | 12/11/2023 | Atlético Baleares | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 15. Round | 02/12/2023 | CF Intercity | - | Mérida AD | 0:1 |  |
|||
| 16. Round | 10/12/2023 | Mérida AD | - | Málaga CF | 1:2 | ||||
| 19. Round | 14/01/2024 | Mérida AD | - | Recreativo Granada | 1:0 | ||||
| 22. Round | 04/02/2024 | Antequera CF | - | Mérida AD | 2:2 | ||||
| 23. Round | 11/02/2024 | Real Madrid Castilla | - | Mérida AD | 0:1 | ||||
| 24. Round | 17/02/2024 | Mérida AD | - | CD Castellón | 2:1 | ||||
| 25. Round | 25/02/2024 | UD Ibiza | - | Mérida AD | 0:0 | ||||
| 26. Round | 03/03/2024 | Mérida AD | - | Atlético Baleares | 2:1 | |
|||
| 31. Round | 07/04/2024 | Recreativo Granada | - | Mérida AD | 0:2 | ||||
| 32. Round | 13/04/2024 | Mérida AD | - | Algeciras CF | 3:1 | |
|||
| 33. Round | 21/04/2024 | UD Melilla | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 36. Round | 11/05/2024 | Mérida AD | - | CF Intercity | 3:0 | |
|||
| 37. Round | 18/05/2024 | Real Murcia | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 38. Round | 25/05/2024 | Mérida AD | - | AD Ceuta FC | 3:2 |
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