| 1. Round | 18/08/2012 | RC Celta | - | Málaga CF | 0:1 | ||||
| 3. Round | 01/09/2012 | Real Zaragoza | - | Málaga CF | 0:1 | ||||
| 5. Round | 23/09/2012 | Athletic Club | - | Málaga CF | 0:0 | ||||
| 11. Round | 10/11/2012 | Málaga CF | - | Real Sociedad | 1:2 |  |
|||
| 12. Round | 17/11/2012 | CA Osasuna | - | Málaga CF | 0:0 | |
|||
| 13. Round | 24/11/2012 | Málaga CF | - | Valencia CF | 4:0 | ||||
| 14. Round | 01/12/2012 | Getafe CF | - | Málaga CF | 1:0 | |
|||
| 19. Round | 13/01/2013 | Málaga CF | - | FC Barcelona | 1:3 | ||||
| 20. Round | 19/01/2013 | Málaga CF | - | RC Celta | 1:1 | ||||
| 21. Round | 27/01/2013 | RCD Mallorca | - | Málaga CF | 2:3 | ||||
| 22. Round | 03/02/2013 | Málaga CF | - | Real Zaragoza | 1:1 | |
|||
| 23. Round | 09/02/2013 | Levante UD | - | Málaga CF | 1:2 | ||||
| 24. Round | 16/02/2013 | Málaga CF | - | Athletic Club | 1:0 | ||||
| 25. Round | 24/02/2013 | Real Betis | - | Málaga CF | 3:0 | ||||
| 26. Round | 03/03/2013 | Málaga CF | - | Atlético Madrid | 0:0 | |
|||
| 28. Round | 17/03/2013 | Málaga CF | - | Espanyol Barcelona | 0:2 | ||||
| 29. Round | 30/03/2013 | Rayo Vallecano | - | Málaga CF | 1:3 | ||||
| 37. Round | 26/05/2013 | Málaga CF | - | Deportivo La Coruña | 3:1 | ||||
| 38. Round | 01/06/2013 | FC Barcelona | - | Málaga CF | 4:1 |
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