| 28. Round | 25/02/2000 | Sporting Gijón | - | CD Badajoz | 0:0 |  |
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| 29. Round | 03/03/2000 | CD Badajoz | - | Recreativo Huelva | 0:0 | ||||
| 30. Round | 11/03/2000 | CD Toledo | - | CD Badajoz | 2:0 | ||||
| 31. Round | 18/03/2000 | CD Badajoz | - | CP Mérida | 0:3 | ||||
| 34. Round | 08/04/2000 | CA Osasuna | - | CD Badajoz | 0:0 | ||||
| 41. Round | 26/05/2000 | CD Badajoz | - | Albacete | 1:2 | ||||
| 42. Round | 03/06/2000 | CF Extremadura | - | CD Badajoz | 2:2 | |
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