| 21. Round | 07/01/2000 | Villarreal CF | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 22. Round | 15/01/2000 | Levante UD | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 23. Round | 22/01/2000 | CD Logroñés | - | CD Tenerife | 0:0 | ||||
| 25. Round | 05/02/2000 | CD Logroñés | - | Recreativo Huelva | 0:3 | ||||
| 27. Round | 19/02/2000 | CD Logroñés | - | CP Mérida | 1:2 | ||||
| 29. Round | 04/03/2000 | CD Logroñés | - | CD Leganés | 0:1 | ||||
| 31. Round | 18/03/2000 | CD Logroñés | - | SD Compostela | 3:1 | ||||
| 39. Round | 13/05/2000 | Getafe CF | - | CD Logroñés | 2:2 | ||||
| 40. Round | 20/05/2000 | CD Logroñés | - | SD Eibar | 0:1 | ||||
| 41. Round | 27/05/2000 | Elche CF | - | CD Logroñés | 2:1 |
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