| 28. Round | 26/02/2000 | CD Leganés | - | UD Las Palmas | 0:0 | ||||
| 30. Round | 11/03/2000 | CD Leganés | - | UE Lleida | 1:0 | ||||
| 31. Round | 18/03/2000 | UD Salamanca | - | CD Leganés | 0:1 | ||||
| 32. Round | 25/03/2000 | CD Leganés | - | Albacete | 1:0 | ||||
| 33. Round | 01/04/2000 | CD Badajoz | - | CD Leganés | 1:1 | ||||
| 34. Round | 07/04/2000 | CD Leganés | - | Getafe CF | 0:0 | ||||
| 35. Round | 14/04/2000 | SD Eibar | - | CD Leganés | 0:0 | ||||
| 36. Round | 21/04/2000 | CD Leganés | - | Elche CF | 0:0 | ||||
| 37. Round | 29/04/2000 | Villarreal CF | - | CD Leganés | 2:0 | ||||
| 38. Round | 06/05/2000 | CD Leganés | - | Levante UD | 2:0 | ||||
| 41. Round | 27/05/2000 | Recreativo Huelva | - | CD Leganés | 1:0 | ||||
| 42. Round | 02/06/2000 | CD Leganés | - | CD Toledo | 1:2 |
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