| 1. Round | 21/08/2016 | Real Murcia | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 2. Round | 28/08/2016 | Mérida AD | - | Lorca FC | 2:2 | ||||
| 3. Round | 04/09/2016 | UD Melilla | - | Mérida AD | 4:0 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | Mérida AD | - | Granada CF B | 1:0 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | San Fernando CD | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | Mérida AD | - | FC Cartagena | 0:1 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | Marbella FC | - | Mérida AD | 2:1 | ||||
| 8. Round | 09/10/2016 | Mérida AD | - | Real Jaén | 1:0 |  |
|||
| 9. Round | 16/10/2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | Mérida AD | 2:2 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | Mérida AD | - | Extremadura UD | 5:1 | ||||
| 11. Round | 29/10/2016 | CF Villanovense | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 12. Round | 02/11/2016 | Mérida AD | - | FC Jumilla | 2:0 | ||||
| 13. Round | 06/11/2016 | RB Linense | - | Mérida AD | 2:5 | |
 |
||
| 14. Round | 13/11/2016 | Mérida AD | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | Mérida AD | - | Córdoba CF B | 1:2 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | Mérida AD | - | CD El Ejido 2012 | 2:0 | ||||
| 19. Round | 18/12/2016 | La Roda CF | - | Mérida AD | 0:0 | |
|||
| 20. Round | 08/01/2017 | Mérida AD | - | Real Murcia | 0:0 | ||||
| 21. Round | 15/01/2017 | Lorca FC | - | Mérida AD | 2:0 |
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