| 2. Round | 28/08/2016 | CF Fuenlabrada | - | UD Logroñés | 2:1 | ||||
| 3. Round | 04/09/2016 | UD Logroñés | - | Rayo Majadahonda | 1:0 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | CD Toledo | - | UD Logroñés | 1:0 | ||||
| 10. Round | 22/10/2016 | Arenas de Getxo | - | UD Logroñés | 1:2 | ||||
| 11. Round | 29/10/2016 | Albacete | - | UD Logroñés | 1:0 |  |
|||
| 13. Round | 06/11/2016 | CDA Navalcarnero | - | UD Logroñés | 2:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | UD Logroñés | - | CD Mensajero | 1:2 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | Real Unión | - | UD Logroñés | 0:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | UD Logroñés | - | SD Amorebieta | 2:1 | ||||
| 19. Round | 17/12/2016 | SD Gernika | - | UD Logroñés | 1:0 | ||||
| 20. Round | 08/01/2017 | SD Leioa | - | UD Logroñés | 1:1 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | UD Logroñés | - | Arenas de Getxo | 0:0 | ||||
| 30. Round | 19/03/2017 | UD Logroñés | - | Albacete | 3:4 |  |
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| 31. Round | 26/03/2017 | UD SS Reyes | - | UD Logroñés | 1:2 | |
|||
| 32. Round | 02/04/2017 | UD Logroñés | - | CDA Navalcarnero | 4:0 | ||||
| 34. Round | 13/04/2017 | UD Logroñés | - | Real Madrid Castilla | 4:0 | ||||
| 35. Round | 22/04/2017 | Real Sociedad B | - | UD Logroñés | 0:2 | |
|||
| 36. Round | 30/04/2017 | UD Logroñés | - | Real Unión | 1:0 | ||||
| 38. Round | 14/05/2017 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 5:1 |
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