| 29. Round | 04/03/2000 | CF Extremadura | - | Villarreal CF | 4:1 |  |
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| 30. Round | 10/03/2000 | Córdoba CF | - | CF Extremadura | 2:1 | ||||
| 31. Round | 18/03/2000 | CF Extremadura | - | Levante UD | 1:1 | |
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| 32. Round | 25/03/2000 | UD Las Palmas | - | CF Extremadura | 0:1 | ||||
| 33. Round | 01/04/2000 | CF Extremadura | - | CD Tenerife | 0:0 | |
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| 35. Round | 15/04/2000 | CF Extremadura | - | Sporting Gijón | 2:2 | |
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| 36. Round | 22/04/2000 | UE Lleida | - | CF Extremadura | 2:3 | |
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| 37. Round | 28/04/2000 | CF Extremadura | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||||
| 38. Round | 06/05/2000 | UD Salamanca | - | CF Extremadura | 2:1 | ||||
| 39. Round | 13/05/2000 | CF Extremadura | - | CD Toledo | 1:2 | |
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| 40. Round | 20/05/2000 | Albacete | - | CF Extremadura | 3:1 | ||||
| 41. Round | 27/05/2000 | CP Mérida | - | CF Extremadura | 1:0 | |
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| 42. Round | 03/06/2000 | CF Extremadura | - | CD Badajoz | 2:2 |
France