| 1. Round | 30/08/2008 | Rayo Vallecano | - | Real Murcia | 1:0 | ||||
| 2. Round | 06/09/2008 | Hércules CF | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 8. Round | 19/10/2008 | Gimnàstic de Tarragona | - | Rayo Vallecano | 3:1 | ||||
| 11. Round | 08/11/2008 | Rayo Vallecano | - | SD Huesca | 1:0 | ||||
| 12. Round | 16/11/2008 | RC Celta | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 13. Round | 23/11/2008 | Rayo Vallecano | - | Alicante CF | 0:0 | ||||
| 16. Round | 13/12/2008 | Córdoba CF | - | Rayo Vallecano | 0:1 | ||||
| 19. Round | 11/01/2009 | Real Sociedad | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 22. Round | 31/01/2009 | Real Murcia | - | Rayo Vallecano | 0:1 |  |
|||
| 26. Round | 28/02/2009 | Xerez CD | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 27. Round | 07/03/2009 | Rayo Vallecano | - | Girona FC | 1:1 | ||||
| 34. Round | 26/04/2009 | Alicante CF | - | Rayo Vallecano | 2:0 | ||||
| 38. Round | 24/05/2009 | Rayo Vallecano | - | Elche CF | 1:2 | ||||
| 41. Round | 13/06/2009 | UD Las Palmas | - | Rayo Vallecano | 0:0 |
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