| 1. Round | 27/08/2006 | Hércules CF | - | Málaga CF | 0:1 |  |
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| 2. Round | 03/09/2006 | Málaga CF | - | CD Alavés | 1:0 | ||||
| 3. Round | 09/09/2006 | Albacete | - | Málaga CF | 2:1 | |
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| 4. Round | 16/09/2006 | Málaga CF | - | CD Numancia | 1:2 | |
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| 5. Round | 24/09/2006 | Sporting Gijón | - | Málaga CF | 1:3 | ||||
| 7. Round | 08/10/2006 | Ciudad de Murcia | - | Málaga CF | 2:0 | ||||
| 8. Round | 14/10/2006 | Málaga CF | - | Polideportivo Ejido | 1:1 | |
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| 9. Round | 22/10/2006 | Xerez CD | - | Málaga CF | 1:0 | |
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| 15. Round | 02/12/2006 | Málaga CF | - | Real Madrid Castilla | 3:3 | ||||
| 16. Round | 09/12/2006 | UD Vecindario | - | Málaga CF | 1:1 | |
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| 41. Round | 09/06/2007 | Málaga CF | - | Cádiz CF | 1:1 |
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