| 1. Round | 07/08/1998 | Nîmes Olympique | - | Chamois Niortais | 1:1 | ||||
| 2. Round | 14/08/1998 | Chamois Niortais | - | Lille OSC | 0:0 | ||||
| 4. Round | 28/08/1998 | Chamois Niortais | - | Stade Lavallois | 0:0 | ||||
| 5. Round | 03/09/1998 | AS Saint-Étienne | - | Chamois Niortais | 2:0 | ||||
| 6. Round | 11/09/1998 | Chamois Niortais | - | FC Gueugnon | 3:1 |  |
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| 8. Round | 22/09/1998 | Chamois Niortais | - | AC Ajaccio | 1:4 | ||||
| 9. Round | 25/09/1998 | OGC Nice | - | Chamois Niortais | 0:0 | |
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| 26. Round | 05/02/1999 | AC Ajaccio | - | Chamois Niortais | 1:1 | |
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| 24. Round | 19/02/1999 | FC Gueugnon | - | Chamois Niortais | 1:1 | ||||
| 28. Round | 26/02/1999 | LB Châteauroux | - | Chamois Niortais | 2:1 | ||||
| 29. Round | 09/03/1999 | Chamois Niortais | - | Amiens SC | 1:0 | ||||
| 35. Round | 30/04/1999 | AS Beauvais | - | Chamois Niortais | 3:2 | ||||
| 36. Round | 06/05/1999 | Chamois Niortais | - | Le Mans UC 72 | 0:0 | ||||
| 37. Round | 21/05/1999 | ATAC Troyes | - | Chamois Niortais | 1:1 |
France