| 22. Round | 04/02/2024 | Antequera CF | - | Mérida AD | 2:2 |  |
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| 23. Round | 11/02/2024 | Real Madrid Castilla | - | Mérida AD | 0:1 | ||||
| 24. Round | 17/02/2024 | Mérida AD | - | CD Castellón | 2:1 | ||||
| 25. Round | 25/02/2024 | UD Ibiza | - | Mérida AD | 0:0 | ||||
| 26. Round | 03/03/2024 | Mérida AD | - | Atlético Baleares | 2:1 | ||||
| 27. Round | 10/03/2024 | San Fernando CD | - | Mérida AD | 0:1 | ||||
| 28. Round | 16/03/2024 | Mérida AD | - | CD Alcoyano | 1:3 | |
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| 29. Round | 24/03/2024 | Recreativo Huelva | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 31. Round | 07/04/2024 | Recreativo Granada | - | Mérida AD | 0:2 | |
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| 32. Round | 13/04/2024 | Mérida AD | - | Algeciras CF | 3:1 | ||||
| 33. Round | 21/04/2024 | UD Melilla | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 34. Round | 28/04/2024 | Mérida AD | - | Atlético Sanluqueño CF | 0:0 | ||||
| 35. Round | 05/05/2024 | Málaga CF | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 36. Round | 11/05/2024 | Mérida AD | - | CF Intercity | 3:0 | ||||
| 37. Round | 18/05/2024 | Real Murcia | - | Mérida AD | 1:1 | |
|||
| 38. Round | 25/05/2024 | Mérida AD | - | AD Ceuta FC | 3:2 | |
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