| 1. Round | 31/08/2008 | UD Salamanca | - | CD Alavés | 0:0 | ||||
| 12. Round | 16/11/2008 | Xerez CD | - | CD Alavés | 5:0 | ||||
| 13. Round | 23/11/2008 | CD Alavés | - | Girona FC | 1:0 | ||||
| 14. Round | 30/11/2008 | CD Castellón | - | CD Alavés | 0:1 | ||||
| 15. Round | 06/12/2008 | CD Alavés | - | Gimnàstic de Tarragona | 1:1 | ||||
| 16. Round | 14/12/2008 | SD Eibar | - | CD Alavés | 1:0 | ||||
| 17. Round | 21/12/2008 | CD Alavés | - | CD Tenerife | 1:2 | ||||
| 18. Round | 04/01/2009 | SD Huesca | - | CD Alavés | 2:0 |  |
|||
| 19. Round | 10/01/2009 | CD Alavés | - | RC Celta | 1:2 | ||||
| 20. Round | 18/01/2009 | Alicante CF | - | CD Alavés | 0:2 | ||||
| 21. Round | 24/01/2009 | CD Alavés | - | Albacete | 0:2 | ||||
| 22. Round | 01/02/2009 | CD Alavés | - | UD Salamanca | 1:1 | ||||
| 23. Round | 08/02/2009 | Córdoba CF | - | CD Alavés | 3:0 | ||||
| 28. Round | 14/03/2009 | CD Alavés | - | Real Zaragoza | 2:2 | ||||
| 29. Round | 21/03/2009 | Real Murcia | - | CD Alavés | 1:0 | ||||
| 30. Round | 29/03/2009 | CD Alavés | - | Hércules CF | 1:3 | ||||
| 31. Round | 05/04/2009 | Elche CF | - | CD Alavés | 1:0 |
France