| 21. Round | 13/01/2013 | Hércules CF | - | Racing Santander | 2:0 |  |
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| 22. Round | 20/01/2013 | Hércules CF | - | CD Lugo | 3:0 | ||||
| 23. Round | 26/01/2013 | Elche CF | - | Hércules CF | 2:0 | |
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| 24. Round | 02/02/2013 | Hércules CF | - | AD Alcorcón | 3:0 | ||||
| 25. Round | 09/02/2013 | Girona FC | - | Hércules CF | 1:1 | |
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| 26. Round | 17/02/2013 | Hércules CF | - | Villarreal CF | 1:1 |  |
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| 28. Round | 03/03/2013 | Hércules CF | - | UD Almería | 0:2 | |
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| 29. Round | 11/03/2013 | Real Madrid Castilla | - | Hércules CF | 1:1 |  |
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| 31. Round | 24/03/2013 | CD Guadalajara | - | Hércules CF | 0:2 | ||||
| 32. Round | 31/03/2013 | Hércules CF | - | SD Ponferradina | 1:1 | ||||
| 33. Round | 07/04/2013 | Xerez CD | - | Hércules CF | 0:0 | ||||
| 34. Round | 13/04/2013 | UD Las Palmas | - | Hércules CF | 0:0 | |
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| 36. Round | 27/04/2013 | Sporting Gijón | - | Hércules CF | 0:1 | |
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| 37. Round | 05/05/2013 | Hércules CF | - | SD Huesca | 2:1 | ||||
| 38. Round | 13/05/2013 | Recreativo Huelva | - | Hércules CF | 0:2 | ||||
| 39. Round | 19/05/2013 | Hércules CF | - | CD Mirandés | 1:0 | |
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| 40. Round | 26/05/2013 | CD Numancia | - | Hércules CF | 3:2 | ||||
| 41. Round | 02/06/2013 | Hércules CF | - | Real Murcia | 0:2 | ||||
| 42. Round | 08/06/2013 | Racing Santander | - | Hércules CF | 3:0 |
France