| 3. Round | 03/09/2016 | Real Madrid Castilla | - | SD Amorebieta | 3:2 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | SD Amorebieta | - | Real Sociedad B | 0:0 | ||||
| 5. Round | 17/09/2016 | Real Unión | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | SD Amorebieta | - | Albacete | 0:1 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 | ||||
| 8. Round | 08/10/2016 | SD Leioa | - | SD Amorebieta | 2:3 |  |
|||
| 9. Round | 16/10/2016 | SD Amorebieta | - | CF Fuenlabrada | 2:1 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | Rayo Majadahonda | - | SD Amorebieta | 2:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | UD Logroñés | - | SD Amorebieta | 2:1 | ||||
| 19. Round | 17/12/2016 | SD Amorebieta | - | UD SS Reyes | 2:1 | ||||
| 20. Round | 07/01/2017 | SD Amorebieta | - | CDA Navalcarnero | 0:0 | ||||
| 21. Round | 15/01/2017 | CD Mensajero | - | SD Amorebieta | 3:2 | ||||
| 22. Round | 21/01/2017 | SD Amorebieta | - | Real Madrid Castilla | 2:2 | |
 |
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| 23. Round | 28/01/2017 | Real Sociedad B | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 24. Round | 04/02/2017 | SD Amorebieta | - | Real Unión | 3:1 | ||||
| 28. Round | 05/03/2017 | CF Fuenlabrada | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 31. Round | 25/03/2017 | SD Amorebieta | - | UD Socuéllamos | 4:1 |
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