| 1. Round | 20/08/2016 | Elche CF | - | Rayo Vallecano | 2:1 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | Rayo Vallecano | - | RCD Mallorca | 1:0 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | CD Mirandés | - | Rayo Vallecano | 2:1 | ||||
| 6. Round | 22/09/2016 | Rayo Vallecano | - | Getafe CF | 2:0 | ||||
| 7. Round | 25/09/2016 | CF Reus Deportiu | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 28. Round | 04/03/2017 | Rayo Vallecano | - | CF Reus Deportiu | 0:0 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | Cádiz CF | - | Rayo Vallecano | 1:0 | ||||
| 31. Round | 25/03/2017 | CD Numancia | - | Rayo Vallecano | 0:0 |
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