| 20. Round | 14/01/2012 | Villarreal CF B | - | FC Cartagena | 0:0 |  |
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| 22. Round | 28/01/2012 | Hércules CF | - | Villarreal CF B | 0:2 | ||||
| 26. Round | 25/02/2012 | CD Guadalajara | - | Villarreal CF B | 0:2 | |
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| 38. Round | 13/05/2012 | Xerez CD | - | Villarreal CF B | 0:1 | ||||
| 40. Round | 19/05/2012 | Villarreal CF B | - | Recreativo Huelva | 2:0 | ||||
| 42. Round | 03/06/2012 | Villarreal CF B | - | Deportivo La Coruña | 0:1 |
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