| 2. Round | 17/07/2013 | Würzburger Kickers | - | Bayern München II | 2:4 | ||||
| 4. Round | 26/07/2013 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 0:5 |  |
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| 5. Round | 30/07/2013 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:0 | |
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| 6. Round | 03/08/2013 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 17. Round | 04/10/2013 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:4 | |
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| 19. Round | 19/10/2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 20. Round | 27/10/2013 | Bayern München II | - | SV Heimstetten | 5:0 | ||||
| 21. Round | 02/11/2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 4:3 | |
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| 22. Round | 06/11/2013 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 2:1 | |
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| 24. Round | 24/11/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 26. Round | 09/03/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 27. Round | 16/03/2014 | Bayern München II | - | TSV Buchbach | 0:0 | ||||
| 28. Round | 22/03/2014 | Viktoria Aschaffenburg | - | Bayern München II | 2:2 | |
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| 29. Round | 28/03/2014 | Bayern München II | - | Eintracht Bamberg | 5:2 | |
Denmark
France 
