| 9. Round | 01/10/2011 | AS Saint-Étienne | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 10. Round | 15/10/2011 | AJ Auxerre | - | Lille OSC | 1:3 | ||||
| 12. Round | 29/10/2011 | Évian Thonon Gaillard | - | AJ Auxerre | 3:1 |  |
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| 16. Round | 04/12/2011 | Paris Saint-Germain | - | AJ Auxerre | 3:2 | |
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| 17. Round | 11/12/2011 | AJ Auxerre | - | OGC Nice | 2:1 | ||||
| 18. Round | 17/12/2011 | Stade Brestois 29 | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 19. Round | 21/12/2011 | AJ Auxerre | - | Dijon FCO | 2:2 | ||||
| 23. Round | 11/02/2012 | AJ Auxerre | - | FC Lorient | 1:1 | ||||
| 24. Round | 18/02/2012 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 25. Round | 25/02/2012 | AJ Auxerre | - | AS Saint-Étienne | 0:0 | ||||
| 26. Round | 03/03/2012 | Lille OSC | - | AJ Auxerre | 2:2 | ||||
| 27. Round | 11/03/2012 | Stade Rennais | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 29. Round | 25/03/2012 | Toulouse FC | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 30. Round | 31/03/2012 | AJ Auxerre | - | Valenciennes FC | 2:0 | ||||
| 38. Round | 20/05/2012 | AJ Auxerre | - | Montpellier HSC | 1:2 | |
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