| 1. Round | 16/08/2024 | Dijon FCO | - | FC Bourg-Péronnas | 0:1 |  |
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| 24. Round | 07/03/2025 | FC Bourg-Péronnas | - | AS Nancy Lorraine | 1:0 | ||||
| 25. Round | 14/03/2025 | Aubagne FC | - | FC Bourg-Péronnas | 1:0 | ||||
| 26. Round | 21/03/2025 | FC Bourg-Péronnas | - | US Orléans | 0:0 | ||||
| 27. Round | 28/03/2025 | Nîmes Olympique | - | FC Bourg-Péronnas | 1:3 | ||||
| 28. Round | 04/04/2025 | FC Bourg-Péronnas | - | Valenciennes FC | 1:0 | ||||
| 31. Round | 25/04/2025 | FC Versailles | - | FC Bourg-Péronnas | 3:0 | ||||
| 33. Round | 09/05/2025 | FC Sochaux | - | FC Bourg-Péronnas | 0:1 | ||||
| 34. Round | 16/05/2025 | FC Bourg-Péronnas | - | Dijon FCO | 2:1 |
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