| 1. Round | 26/07/2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 2. Round | 02/08/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Biel/Bienne | 2:4 | ||||
| 3. Round | 09/08/2008 | FC Locarno | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 |  |
|||
| 4. Round | 16/08/2008 | FC Stade Nyonnais | - | Servette FC | 1:0 | ||||
| 11. Round | 01/11/2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Stade Nyonnais | 1:0 | ||||
| 13. Round | 16/11/2008 | FC Winterthur | - | FC Stade Nyonnais | 1:2 | ||||
| 14. Round | 29/11/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 | ||||
| 15. Round | 06/12/2008 | FC Wohlen | - | FC Stade Nyonnais | 2:0 | ||||
| 19. Round | 13/03/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:2 | |
|||
| 21. Round | 02/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 | ||||
| 27. Round | 09/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Winterthur | 2:1 | ||||
| 28. Round | 17/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | Yverdon Sport FC | 1:3 | ||||
| 30. Round | 30/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wohlen | 1:3 | |
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