| 15. Round | 18/11/2016 | Valenciennes FC | - | FC Bourg-Péronnas | 3:3 | ||||
| 16. Round | 25/11/2016 | FC Bourg-Péronnas | - | Red Star FC | 4:1 | ||||
| 17. Round | 29/11/2016 | FC Sochaux | - | FC Bourg-Péronnas | 1:1 | ||||
| 20. Round | 13/01/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Stade de Reims | 1:0 | ||||
| 22. Round | 27/01/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | AC Ajaccio | 3:2 | ||||
| 23. Round | 03/02/2017 | Chamois Niortais | - | FC Bourg-Péronnas | 3:2 | ||||
| 26. Round | 17/02/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Tours FC | 3:2 | ||||
| 27. Round | 24/02/2017 | Stade Lavallois | - | FC Bourg-Péronnas | 2:4 | ||||
| 31. Round | 31/03/2017 | Gazélec FC Ajaccio | - | FC Bourg-Péronnas | 2:3 | ||||
| 32. Round | 07/04/2017 | US Orléans | - | FC Bourg-Péronnas | 1:0 | ||||
| 33. Round | 14/04/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Valenciennes FC | 0:2 | ||||
| 35. Round | 28/04/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | FC Sochaux | 0:1 | ||||
| 36. Round | 05/05/2017 | Clermont Foot 63 | - | FC Bourg-Péronnas | 2:3 | ||||
| 37. Round | 12/05/2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Stade Brestois 29 | 1:2 | ||||
| 38. Round | 19/05/2017 | RC Strasbourg | - | FC Bourg-Péronnas | 2:1 |
France