| 24. Round | 16/02/2025 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 3:0 |  |
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| 25. Round | 21/02/2025 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/03/2025 | Villarreal CF B | - | AD Ceuta FC | 0:1 | |
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| 30. Round | 29/03/2025 | Villarreal CF B | - | CF Fuenlabrada | 1:1 | ||||
| 31. Round | 06/04/2025 | Villarreal CF B | - | Algeciras CF | 0:3 | ||||
| 38. Round | 24/05/2025 | Real Betis B | - | Villarreal CF B | 0:3 |
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