| 19. Round | 18/12/2016 | Córdoba CF B | - | Granada CF B | 1:3 | ||||
| 21. Round | 15/01/2017 | FC Cartagena | - | Córdoba CF B | 1:2 | ||||
| 22. Round | 22/01/2017 | Córdoba CF B | - | Marbella FC | 2:2 | ||||
| 23. Round | 29/01/2017 | Real Jaén | - | Córdoba CF B | 2:0 | ||||
| 24. Round | 05/02/2017 | Córdoba CF B | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:1 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | Recreativo Huelva | - | Córdoba CF B | 0:0 | ||||
| 30. Round | 19/03/2017 | Córdoba CF B | - | Linares Deportivo | 2:1 | ||||
| 31. Round | 26/03/2017 | Real Murcia | - | Córdoba CF B | 2:0 |  |
|||
| 32. Round | 02/04/2017 | Atlético Mancha Real | - | Córdoba CF B | 0:1 | ||||
| 33. Round | 08/04/2017 | Córdoba CF B | - | CD El Ejido 2012 | 1:0 | ||||
| 34. Round | 13/04/2017 | La Roda CF | - | Córdoba CF B | 2:5 | ||||
| 35. Round | 23/04/2017 | Córdoba CF B | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 36. Round | 30/04/2017 | Lorca FC | - | Córdoba CF B | 1:1 | |
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