| 21. Round | 26/01/2025 | Real Madrid Castilla | - | Villarreal CF B | 2:2 |  |
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| 22. Round | 02/02/2025 | Villarreal CF B | - | UD Ibiza | 1:2 | ||||
| 23. Round | 09/02/2025 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF B | 3:3 | |
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| 24. Round | 16/02/2025 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 3:0 | ||||
| 25. Round | 21/02/2025 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/03/2025 | Villarreal CF B | - | AD Ceuta FC | 0:1 | ||||
| 27. Round | 09/03/2025 | Marbella FC | - | Villarreal CF B | 0:2 | ||||
| 28. Round | 14/03/2025 | Villarreal CF B | - | Mérida AD | 3:0 | |
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| 29. Round | 23/03/2025 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF B | 2:1 | ||||
| 30. Round | 29/03/2025 | Villarreal CF B | - | CF Fuenlabrada | 1:1 |  |
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| 31. Round | 06/04/2025 | Villarreal CF B | - | Algeciras CF | 0:3 | ||||
| 32. Round | 13/04/2025 | Atlético Sanluqueño CF | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 33. Round | 18/04/2025 | Villarreal CF B | - | CF Intercity | 0:0 | |
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| 34. Round | 27/04/2025 | Real Murcia | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 35. Round | 04/05/2025 | Villarreal CF B | - | Hércules CF | 2:1 | |
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| 36. Round | 10/05/2025 | Yeclano Deportivo | - | Villarreal CF B | 3:1 | ||||
| 37. Round | 17/05/2025 | Villarreal CF B | - | Sevilla Atlético | 3:0 |
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