| 26. Round | 12/02/2000 | Atlético Madrid B | - | Córdoba CF | 0:0 | ||||
| 27. Round | 18/02/2000 | UD Las Palmas | - | Atlético Madrid B | 1:1 | ||||
| 28. Round | 26/02/2000 | Atlético Madrid B | - | CD Logroñés | 0:1 | ||||
| 29. Round | 04/03/2000 | UE Lleida | - | Atlético Madrid B | 3:0 | ||||
| 30. Round | 10/03/2000 | Atlético Madrid B | - | UD Salamanca | 2:1 |  |
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| 31. Round | 18/03/2000 | Albacete | - | Atlético Madrid B | 1:0 | |
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| 32. Round | 25/03/2000 | Atlético Madrid B | - | CD Badajoz | 0:0 | ||||
| 33. Round | 31/03/2000 | Getafe CF | - | Atlético Madrid B | 2:0 | ||||
| 34. Round | 08/04/2000 | Atlético Madrid B | - | SD Eibar | 2:0 |  |
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| 42. Round | 03/06/2000 | Atlético Madrid B | - | CP Mérida | 0:0 |
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