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| 03/09/2008 | 19:00 | Real Sociedad | - | Real Zaragoza | 1:0 | |
| 19:15 | SD Huesca | - | Rayo Vallecano | 1:3 aet | ||
| 19:15 | Real Oviedo | - | SD Ponferradina | 2:3 aet | ||
| 19:15 | Real Unión | - | UE Sant Andreu | 2:1 | ||
| 19:30 | CD Toledo | - | Zamora CF | 1:0 | ||
| 19:30 | Orihuela CF | - | UD Fuerteventura | 1:0 | ||
| 19:30 | Barakaldo CF | - | CD Roquetas | 1:0 aet | ||
| 19:45 | UD Salamanca | - | UD Las Palmas | 2:1 | ||
| 20:00 | Benidorm CD | - | SD Lemona | 4:2 aet | ||
| 20:00 | CD Castellón | - | SD Eibar | 1:0 | ||
| 20:00 | Elche CF | - | CD Alavés | 2:0 | ||
| 20:00 | Gimnàstic de Tarragona | - | Girona FC | 0:2 | ||
| 20:00 | Xerez CD | - | Real Murcia | 1:3 pso | ||
| 20:00 | UD Alzira | - | Granada 74 CF | 1:4 pso | ||
| 20:00 | CD Alfaro | - | Don Benito | 1:2 | ||
| 20:30 | Hércules CF | - | Levante UD | 2:1 aet | ||
| 20:30 | Polideportivo Ejido | - | UB Conquense | 2:0 | ||
| 20:30 | Écija Balompié | - | Club Portugalete | 0:1 | ||
| 20:50 | UD Melilla | - | Mérida UD | 5:2 | ||
| 21:00 | CD Tenerife | - | Córdoba CF | 2:1 | ||
| 04/09/2008 | 19:30 | Alicante CF | - | RC Celta | 0:1 | |
| 11/09/2008 | 11:00 | CF Gavà | - | Universidad Las Palmas | 1:3 aet |
