| 5. Round | 27/09/2009 | Deportivo La Coruña | - | Villarreal CF | 1:0 | ||||
| 6. Round | 04/10/2009 | Villarreal CF | - | Espanyol Barcelona | 0:0 | ||||
| 7. Round | 18/10/2009 | Xerez CD | - | Villarreal CF | 2:1 | ||||
| 8. Round | 25/10/2009 | Villarreal CF | - | Málaga CF | 2:1 | ||||
| 9. Round | 01/11/2009 | Villarreal CF | - | CD Tenerife | 5:0 | ||||
| 10. Round | 08/11/2009 | Sevilla FC | - | Villarreal CF | 3:2 |  |
|||
| 11. Round | 22/11/2009 | Villarreal CF | - | Real Valladolid | 3:1 | ||||
| 14. Round | 13/12/2009 | Atlético Madrid | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| 15. Round | 20/12/2009 | Villarreal CF | - | Racing Santander | 2:0 | |
|||
| 16. Round | 02/01/2010 | FC Barcelona | - | Villarreal CF | 1:1 | |
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| 21. Round | 07/02/2010 | RCD Mallorca | - | Villarreal CF | 1:0 | ||||
| 22. Round | 13/02/2010 | Villarreal CF | - | Athletic Club | 2:1 | ||||
| 23. Round | 21/02/2010 | Real Madrid | - | Villarreal CF | 6:2 | |
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| 28. Round | 24/03/2010 | CD Tenerife | - | Villarreal CF | 2:2 | ||||
| 31. Round | 10/04/2010 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 1:0 | ||||
| 33. Round | 17/04/2010 | Villarreal CF | - | Atlético Madrid | 2:1 | ||||
| 36. Round | 04/05/2010 | UD Almería | - | Villarreal CF | 4:2 | ||||
| 37. Round | 08/05/2010 | Villarreal CF | - | Valencia CF | 2:0 |
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