| Group 1 | 02/03/2006 | Caracas FC | - | São Paulo FC | 1:2 |  |
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| Group 1 | 09/03/2006 | São Paulo FC | - | Cienciano | 4:1 | ||||
| Group 1 | 22/03/2006 | Deportivo Guadalajara | - | São Paulo FC | 2:1 | ||||
| Group 1 | 13/04/2006 | Cienciano | - | São Paulo FC | 0:2 | |
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| Group 1 | 21/04/2006 | São Paulo FC | - | Caracas FC | 2:0 | ||||
| Round of 16 | 26/04/2006 | Palmeiras | - | São Paulo FC | 1:1 | ||||
| Round of 16 | 04/05/2006 | São Paulo FC | - | Palmeiras | 2:1 | |
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| Quarter-finals | 11/05/2006 | Estudiantes | - | São Paulo FC | 1:0 |  |
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