| 6. Round | 10/10/1998 | Atalanta | - | Ravenna Calcio | 1:1 | ||||
| 7. Round | 17/10/1998 | Atalanta | - | AC Cesena | 0:0 | ||||
| 16. Round | 05/01/1999 | Atalanta | - | US Lecce | 2:1 | ||||
| 17. Round | 09/01/1999 | AS Fidelis Andria | - | Atalanta | 0:1 | ||||
| 18. Round | 16/01/1999 | Atalanta | - | Treviso FBC | 2:2 | ||||
| 19. Round | 22/01/1999 | AC Monza | - | Atalanta | 1:2 |  |
|||
| 21. Round | 06/02/1999 | Atalanta | - | Chievo Verona | 1:1 | |
|||
| 22. Round | 13/02/1999 | Atalanta | - | Pescara Calcio | 4:0 | |
|||
| 23. Round | 20/02/1999 | Ternana Calcio | - | Atalanta | 1:1 | ||||
| 24. Round | 27/02/1999 | Atalanta | - | SSC Napoli | 1:1 | ||||
| 25. Round | 06/03/1999 | Ravenna Calcio | - | Atalanta | 0:0 | ||||
| 26. Round | 13/03/1999 | AC Cesena | - | Atalanta | 0:0 | ||||
| 27. Round | 27/03/1999 | Atalanta | - | Brescia Calcio | 1:1 | ||||
| 28. Round | 02/04/1999 | Lucchese | - | Atalanta | 2:2 | ||||
| 30. Round | 17/04/1999 | Cosenza Calcio | - | Atalanta | 2:2 | ||||
| 32. Round | 02/05/1999 | Atalanta | - | US Cremonese | 3:0 | ||||
| 33. Round | 09/05/1999 | Reggina Calcio | - | Atalanta | 0:0 |  |
|||
| 34. Round | 16/05/1999 | Atalanta | - | AC Reggiana | 0:0 | ||||
| 35. Round | 23/05/1999 | US Lecce | - | Atalanta | 0:0 | ||||
| 36. Round | 30/05/1999 | Atalanta | - | AS Fidelis Andria | 0:0 |
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