| 3. Round | 24/09/2016 | Spezia Calcio [Youth] | - | Latina Calcio [Youth] | 1:1 | ||||
| 4. Round | 01/10/2016 | Latina Calcio [Youth] | - | Vicenza Calcio [Youth] | 0:1 | ||||
| 5. Round | 15/10/2016 | SSC Napoli [Youth] | - | Latina Calcio [Youth] | 2:4 |  |
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| 6. Round | 22/10/2016 | Latina Calcio [Youth] | - | SPAL 2013 Ferrara [Youth] | 3:1 | |
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| 7. Round | 05/11/2016 | Hellas Verona [Youth] | - | Latina Calcio [Youth] | 3:1 | ||||
| 8. Round | 20/11/2016 | Latina Calcio [Youth] | - | ACF Fiorentina [Youth] | 0:1 | ||||
| 9. Round | 26/11/2016 | Brescia Calcio [Youth] | - | Latina Calcio [Youth] | 1:2 | ||||
| 10. Round | 04/12/2016 | Latina Calcio [Youth] | - | Lazio Roma [Youth] | 2:1 | ||||
| 11. Round | 10/12/2016 | Cesena FC [Youth] | - | Latina Calcio [Youth] | 1:3 | |
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