| 24. Round | 15/08/2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 2:0 | ||||
| 29. Round | 13/09/2016 | JK Narva Trans | - | JK Tammeka | 4:2 | ||||
| 31. Round | 24/09/2016 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | ||||
| 34. Round | 21/10/2016 | JK Narva Trans | - | FC Infonet | 0:0 | ||||
| 35. Round | 29/10/2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 1:7 | ||||
| 36. Round | 05/11/2016 | Paide Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 0:0 |
Estonia