| 9. Round | 12/10/2024 | UC AlbinoLeffe | - | Atalanta II | 2:2 |  |
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| 13. Round | 03/11/2024 | Feralpisalò | - | Atalanta II | 3:1 | ||||
| 14. Round | 09/11/2024 | Atalanta II | - | Aurora Pro Patria | 2:1 | ||||
| 16. Round | 23/11/2024 | Atalanta II | - | Caldiero Terme | 2:0 | ||||
| 15. Round | 04/12/2024 | Calcio Padova | - | Atalanta II | 3:1 | ||||
| 18. Round | 08/12/2024 | Arzignano Valchiampo | - | Atalanta II | 3:1 | ||||
| 17. Round | 11/12/2024 | Atalanta II | - | Clodiense SSD | 2:1 | ||||
| 19. Round | 14/12/2024 | Atalanta II | - | Calcio Lecco 1912 | 5:2 | ||||
| 22. Round | 11/01/2025 | Trento Calcio 1921 | - | Atalanta II | 2:2 | ||||
| 23. Round | 18/01/2025 | Atalanta II | - | US Triestina | 3:1 | ||||
| 24. Round | 25/01/2025 | Atalanta II | - | FC Lumezzane | 0:1 | ||||
| 26. Round | 08/02/2025 | Atalanta II | - | Virtus Verona | 0:3 | ||||
| 27. Round | 16/02/2025 | Giana Erminio | - | Atalanta II | 2:1 | ||||
| 38. Round | 25/04/2025 | Calcio Lecco 1912 | - | Atalanta II | 0:1 |
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