| 1. Round | 05/09/1998 | Atalanta | - | Genoa CFC | 1:0 |  |
|||
| 2. Round | 12/09/1998 | Chievo Verona | - | Atalanta | 2:0 | ||||
| 3. Round | 19/09/1998 | Pescara Calcio | - | Atalanta | 1:0 | ||||
| 7. Round | 17/10/1998 | Atalanta | - | AC Cesena | 0:0 | ||||
| 10. Round | 14/11/1998 | Hellas Verona | - | Atalanta | 1:0 | ||||
| 11. Round | 21/11/1998 | Atalanta | - | Cosenza Calcio | 3:0 | ||||
| 12. Round | 27/11/1998 | Torino FC | - | Atalanta | 2:1 | ||||
| 14. Round | 12/12/1998 | Atalanta | - | Reggina Calcio | 2:1 | ||||
| 24. Round | 27/02/1999 | Atalanta | - | SSC Napoli | 1:1 | ||||
| 25. Round | 06/03/1999 | Ravenna Calcio | - | Atalanta | 0:0 | ||||
| 27. Round | 27/03/1999 | Atalanta | - | Brescia Calcio | 1:1 | ||||
| 29. Round | 10/04/1999 | Atalanta | - | Hellas Verona | 3:2 | ||||
| 34. Round | 16/05/1999 | Atalanta | - | AC Reggiana | 0:0 | ||||
| 36. Round | 30/05/1999 | Atalanta | - | AS Fidelis Andria | 0:0 |
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