| 2. Round | 03/09/2016 | AC Perugia Calcio | - | FC Bari 1908 | 0:1 |  |
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| 3. Round | 10/09/2016 | Vicenza Calcio | - | FC Bari 1908 | 0:0 | |
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| 4. Round | 16/09/2016 | FC Bari 1908 | - | AC Cesena | 2:1 | ||||
| 5. Round | 20/09/2016 | Ternana Calcio | - | FC Bari 1908 | 0:0 | ||||
| 8. Round | 09/10/2016 | FC Bari 1908 | - | Virtus Entella | 1:1 | |
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| 9. Round | 16/10/2016 | Frosinone Calcio | - | FC Bari 1908 | 3:1 | ||||
| 10. Round | 22/10/2016 | FC Bari 1908 | - | Trapani Calcio | 3:0 | |
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| 12. Round | 29/10/2016 | FC Bari 1908 | - | Pro Vercelli | 2:0 | ||||
| 13. Round | 05/11/2016 | Latina Calcio | - | FC Bari 1908 | 2:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | FC Bari 1908 | - | Spezia Calcio | 1:1 | ||||
| 17. Round | 03/12/2016 | FC Bari 1908 | - | US Salernitana 1919 | 2:0 | ||||
| 18. Round | 09/12/2016 | AC Pisa | - | FC Bari 1908 | 0:0 | |
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| 20. Round | 24/12/2016 | Ascoli Picchio FC | - | FC Bari 1908 | 1:1 | ||||
| 21. Round | 29/12/2016 | FC Bari 1908 | - | SPAL 2013 Ferrara | 1:1 | |
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| 22. Round | 21/01/2017 | AS Cittadella | - | FC Bari 1908 | 2:0 | |
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