| 20. Round | 23/01/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | Lommelse SK | 3:1 |  |
|||
| 21. Round | 30/01/2000 | Club Brugge KV | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 3:0 |  |
|||
| 22. Round | 06/02/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | Sint-Truidense VV | 2:0 | ||||
| 23. Round | 12/02/2000 | Sporting Lokeren | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 5:1 | |
|||
| 24. Round | 20/02/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | Germinal Beerschot | 1:2 | |
|||
| 25. Round | 04/03/2000 | Verbroedering Geel | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 1:2 | ||||
| 26. Round | 11/03/2000 | RSC Anderlecht | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 4:1 | ||||
| 27. Round | 19/03/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | KRC Harelbeke | 3:0 | |
|||
| 28. Round | 25/03/2000 | KV Mechelen | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 2:0 | ||||
| 29. Round | 01/04/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | KVC Westerlo | 1:1 | |
|||
| 30. Round | 09/04/2000 | KAA Gent | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 4:0 | ||||
| 31. Round | 15/04/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | KRC Genk | 1:3 | ||||
| 32. Round | 22/04/2000 | Standard Liège | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 3:1 | ||||
| 33. Round | 06/05/2000 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | RSC Charleroi | 0:3 | ||||
| 34. Round | 11/05/2000 | Excelsior Mouscron | - | K.S.C. Eendracht Aalst | 1:1 |
Italy