| 6. Round | 24/09/2006 | VfB Pößneck | - | Germania Halberstadt | 2:1 |  |
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| 7. Round | 01/10/2006 | Germania Halberstadt | - | VFC Plauen | 1:1 | ||||
| 9. Round | 22/10/2006 | Germania Halberstadt | - | FSV Budissa Bautzen | 4:0 | ||||
| 10. Round | 29/10/2006 | SV Dessau 05 | - | Germania Halberstadt | 1:2 |  |
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| 11. Round | 04/11/2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Germania Halberstadt | 3:0 | |
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| 12. Round | 12/11/2006 | Germania Halberstadt | - | Rot-Weiß Erfurt II | 2:0 | ||||
| 13. Round | 18/11/2006 | ZFC Meuselwitz | - | Germania Halberstadt | 2:1 | ||||
| 14. Round | 25/11/2006 | Germania Halberstadt | - | VfB Auerbach | 3:0 | ||||
| 15. Round | 02/12/2006 | Chemnitzer FC | - | Germania Halberstadt | 2:1 |  |
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