| 1. Round | 14/08/1999 | Bayern München | - | Hamburger SV | 2:2 | ||||
| 11. Round | 06/11/1999 | SSV Ulm 1846 | - | Bayern München | 0:1 |  |
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| 12. Round | 20/11/1999 | Bayern München | - | SC Freiburg | 6:1 |  |
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| 13. Round | 27/11/1999 | TSV 1860 München | - | Bayern München | 1:0 | ||||
| 14. Round | 04/12/1999 | Bayern München | - | Borussia Dortmund | 1:1 | |
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| 17. Round | 17/12/1999 | Werder Bremen | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 18. Round | 06/02/2000 | Hamburger SV | - | Bayern München | 0:0 | ||||
| 19. Round | 09/02/2000 | Bayern München | - | Bayer Leverkusen | 4:1 | |
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| 20. Round | 12/02/2000 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 21. Round | 19/02/2000 | Bayern München | - | MSV Duisburg | 4:1 | |
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| 22. Round | 26/02/2000 | Bayern München | - | Eintracht Frankfurt | 4:1 | |
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| 24. Round | 11/03/2000 | Bayern München | - | FC Schalke 04 | 4:1 | |
|
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| 25. Round | 18/03/2000 | Hertha BSC | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| 34. Round | 20/05/2000 | Bayern München | - | Werder Bremen | 3:1 |
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